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Text File  |  1995-03-04  |  1.7 KB  |  35 lines
  1. *************************************************
  2. * Visual pigments (opsins) retinal binding site *
  3. *************************************************
  4.  
  5. Visual pigments [1,2] are the light-absorbing  molecules that  mediate vision.
  6. They consist of  an apoprotein, opsin,  covalently  linked  to the chromophore
  7. cis-retinal.  Vision is  effected through  the absorption of a  photon by cis-
  8. retinal  which is isomerized to  trans-retinal.  This isomerization leads to a
  9. change  of conformation  of the protein. Opsins are integral membrane proteins
  10. with seven  transmembrane  regions.  The  attachment  site  for  retinal  is a
  11. conserved lysine residue in the middle of the seventh transmembrane helix.
  12.  
  13. In vertebrates four different pigments are generally found.   Rod cells, which
  14. mediate vision in dim light, contain the pigment rhodopsin.  Cone cells, which
  15. function in bright light, are responsible  for  color vision and contain three
  16. or more color pigments (for example, in mammals: red, blue and green).
  17.  
  18. In Drosophila, the  eye   is composed   of 800   facets  or   ommatidia.  Each
  19. ommatidium contains eight photoreceptor cells (R1-R8):  the R1 to R6 cells are
  20. outer cells,  R7  and R8 inner cells. Each of the three types of cells (R1-R6,
  21. R7 and R8) expresses a specific opsin.
  22.  
  23. The pattern we developed includes the retinal binding lysine.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [SAC]-K-x(5)-[DEN]-P-x-[IV]-Y-x(6)-[FYD]
  26.                     [K is the retinal binding site]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  30.  
  31. [ 1] Applebury M.L., Hargrave P.A.
  32.      Vision Res. 26:1881-1895(1986).
  33. [ 2] Fryxell K.J., Meyerowitz E.M.
  34.      J. Mol. Evol. 33:367-378(1991).
  35.